Esta iglesia formaba parte originariamente del Monasterio de la Purísima Concepción, fundado en 1539 en las casas que diera el canónigo Maldonado, en el arrabal Norte de la ciudad. Hacia 1542 les construían la iglesia el canónigo Escudero y el matrimonio Antonio Navarro y Catalina Sedeño. En 1599 entregaba la comunidad el patronato de la iglesia a la familia de los Guillamas (a ellos pertenece el escudo que aparece en la portada de la Iglesia y en la esquina de la vivienda que se encuentra frente a la iglesia). La comunidad deja este monasterio para trasladarse a la iglesia y edificios del antiguo hospital de la Magdalena, donde permanece en la actualidad.
La primitiva fundación de Concepcionistas se convirtió en Inclusa y fue regida por las Hijas de la Caridad hasta su cierre a comienzos de los setenta. En el solar de la antigua Inclusa se construyeron un Instituto de Enseñanza Secundaria y un Centro de Día. El templo sufrió un grave deterioro, hasta que a comienzos de los noventa la Diputación y el Obispado de Ávila llegaron a un acuerdo por el que la Diputación cedía el templo a la Diócesis para que se rehabilitara, y en un edificio anexo se hiciera vivienda para sacerdotes y centro parroquial para distintas actividades parroquiales.
En la actualidad el templo no tiene culto parroquial habitual. Está habilitado como centro de encuentro, oración y celebración de las Comunidades Neocatecumenales de la ciudad de Ávila; y una vez al mes miembros del Opus Dei hacen retiro espiritual.
El templo también ha acogido también celebraciones de la Universidad Católica con motivo de la inauguración del Curso, de la Fiesta de Santo Tomás de Aquino, y la Ceremonia de Graduación.
